Secondo alcune ipotesi, il nome deriverebbe da quello della dea Murcia. Nel 1027 la chiesa del paese viene citata in un documento di Corrado il Salico, che la conferma possesso del monastero di San Pietro di Perugia. Il castello di Morcella venne donato nel 1328 da Ludovico il Bavaro ai conti di Marsciano, per ringraziarli dell’aiuto offerto durante il conflitto con Arrigo VII. Nel 1310 venne respinto un assalto portato dal perugino Libriotto di Portasole; risulta comunque che il castello ricadesse sotto la giurisdizione del contado perugino di Porta San Pietro, che lo dispensò a più riprese dal pagamento delle tasse, per poterne finanziare la riparazione. Altri assedi avvennero nel 1534, ad opera di Baldassarre della Staffa, e nel 1643, con i fiorentini di Mattia de Medici accampati a San Biagio della Valle: da questo, in particolare, gli abitanti dovettero liberarsi dietro il pagamento di un riscatto.

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